La permanencia universitaria es un desafío constante para las instituciones educativas de Bolivia. Debido al cierre de universidades, por la pandemia de COVID-19, las instituciones educativas se han visto obligadas a cambiar la educación presencial por la educación virtual. Este cambio trae consigo retos académicos, tecnológicos, económicos y sociales para los estudiantes. En particular, la educación virtual hace que los estudiantes socialicen en menor grado con sus profesores y pares académicos, orientándose en los resultados del servicio educativo. Más aún, la pandemia del COVID-19 causo problemas económicos en todos los países y en consecuencia los ingresos de los estudiantes y sus familiares se vieron afectados. De esta manera se afectó la capacidad de pago de sus estudios. Todo esto sugiere que la pandemia del COVID-19 y la educación virtual reducen la importancia del rol de la socialización en las universidades, pero al mismo tiempo incrementan el rol de las tecnologías educativas y el ambiente económico en la persistencia estudiantil. Para analizar este fenómeno, esta investigación utiliza el modelo de deserción estudiantil propuesto por Bean y Metzner (1985), y examina la relación de (a) los antecedentes del estudiante, (b) las variables académicas, (c) las variables ambientales, (d) las variables de integración social y (e) las consecuencias psicológicas, en la persistencia estudiantil. En particular, se realizaron 387 encuestas estructuradas a estudiantes de una universidad de Bolivia. A continuación, se examinó las relaciones teorizadas utilizando análisis estructural de ecuaciones. Los resultados indican que la persistencia estudiantil se encuentra determinada por: (i) los antecedentes del estudiante (edad y género), (ii) las variables académicas (habilidades de estudio de educación presencial, habilidades de educación virtual) y la calidad de los servicios educativos de la universidad (calidad procesos académicos y calidad procesos administrativos); (iii) las variables ambientales (problemas económicos del estudiante); (iv) las variables de integración social; y (v) las consecuencias psicológicas (satisfacción del estudiante). Además, se realizó análisis multigrupos para estudiar el efecto de la pandemia del COVID-19 en la persistencia estudiantil. Los resultados obtenidos indican que la pandemia incrementó la influencia de variables académicas, de consecuencias psicológicas y de variables ambientales en la persistencia estudiantil. Sin embargo, la pandemia también disminuyó la influencia de la integración social en la persistencia estudiantil. Estos resultados sugieren que la pandemia del COVID-19 y la educación virtual: (a) reducen la importancia de las relaciones sociales con profesores y pares académicos; e (b) incrementan la importancia de variables contextuales (tecnología y economía estudiantil), en la persistencia estudiantil.