La acidificación del océano es el proceso prolongado de reducción del pH de los océanos, que ocurre principalmente al intercambio de CO2 antropogénico con la atmósfera. Este proceso ha cambiado la biogeoquímica de los océanos y es una amenaza a la salud de los organismos marinos. Estos cambios a gran escala afectan las funciones de los ecosistemas y pueden tener un impacto en la biodiversidad, los bienes y servicios ecológicos y económicos incluyendo a los ecosistemas estuarinos. Los estuarios son claves en el transporte de carbono del continente a la zona costera y por lo general actúan como fuente de CO2 para la atmósfera, por consiguiente, atraviesan por el proceso de acidificación estuarina. En este trabajo documentamos por primera vez la dinámica espacio-temporal de parámetros de calidad de agua y el flujo de CO2 para comprender la variabilidad ambiental natural y la acidificación estuarina en el sistema estuario Río Salado-Bahía de Chame para ilustrar como los procesos naturales y el cambio climático pueden manifestarse en el ambiente acuático. La variación espaciotemporal del pH y CO2 del agua superficial se puede atribuir a factores como la intrusión salina en los estuarios, el aporte de agua dulce a través de abundantes canales, la actividad fotosintética del fitoplancton y la vegetación de manglar. Este estudio ayudará llenando los vacíos de información sobre como la calidad del agua estuarina puede contribuir a predecir las respuestas a la acidificación oceánica y comprender los procesos que afectan la estructura y el funcionamiento de los estuarios tropicales.