Bioprospecting is an investigation conducted to identify species, genes and products with current or potential uses by mankind. Therefore, this project was developed with the purpose of identifying potentially useful native strains for the engineering development of biotechnological processes, where isolation techniques were applied, in addition to a recognition of the morphological characteristics of microorganisms by observing Gram stains, adhesive tapes and fresh stains; as well as the molecular identification by sequencing the 16S regions for bacteria and STIs and D1 / D2 / D3 for fungi. Concluded the work, a total of 66 microbial isolates were obtained, which were subjected to morphological tests and among these only 18 bacteria, 2 filamentous fungi, 3 yeast fungi were carried out molecular tests, which allowed to identify 6 different bacterial species and 5 fungal species, in addition to those identified up to genus level of Halomonas sp and Enterobacter sp. The fully identified strains belong to: bacteria such as (1) Acinetobacter calcoaceticus, (1) Aeromonas hydrophila, (4) Bacillus cereus, (1) Bacillus marisflavi, (1) Exiguobacterium aurantiacum and (1) Terribacillus saccharophilus and fungi such as: (1) Cyberlindnera jadinii, (1) Pichia jadinii, (1) Trichosporon asahii, (1) Penicillum janthinellum and (1) Penicillum simplicissimum.La bioprospección es una investigación realizada para identificar especies, genes y productos con usos actuales o potenciales por parte de la humanidad. Por consiguiente, se desarrolló este proyecto con el propósito de identificar cepas nativas potencialmente útiles para el desarrollo ingenieril de procesos biotecnológicos, donde se aplicaron técnicas de aislamiento, además de un reconocimiento de las características morfológicas de los microorganismos mediante la observación de tinciones de Gram, cintas adhesivas y tinciones en fresco; así como, la identificación molecular por la secuenciación de las regiones 16S para bacterias e ITS y D1/D2/D3 para hongos. Concluido el trabajo se obtuvo un total de 66 aislados microbianos, a los que se les realizaron pruebas morfológicas y entre estos solo a 18 bacterias, 2 hongos filamentosos, 3 hongos levaduriformes se les realizaron las pruebas moleculares, lo que permitió identificar 6 especies bacterianas diferentes y 5 especies fúngicas, además de las identificadas hasta nivel de géneros de Halomonas sp y Enterobacter sp. Las cepas plenamente identificadas pertenecen a: bacterias como (1) Acinetobacter calcoaceticus, (1) Aeromonas hydrophila, (4) Bacillus cereus, (1) Bacillus marisflavi, (1) Exiguobacterium aurantiacum y (1) Terribacillus saccharophilus y hongos como: (1) Cyberlindnera jadinii, (1) Pichia jadinii, (1) Trichosporon asahii, (1) Penicillum janthinellum y (1) Penicillum simplicissimum.