El estudio se enfoca en la relevancia de las variables organizacionales como posibles factores que influyen en el rendimiento final de los alumnos de una institución de educación superior chilena en asignaturas de las áreas de matemática, física y química. Los factores organizacionales o también llamados factores institucionales son aquellos elementos que condicionan el espacio donde se desenvuelve la actividad académica asociados a las actividades de gestión de las instituciones educativas abarcan características estructurales y funcionales propias de cada institución, donde destacan, entre otros aspectos, los horarios de los cursos y la planificación de evaluaciones. Se recabaron datos de más de 120.000 alumnos que cursaron este tipo de asignaturas entre los años 2013 y 2015. Los resultados de un análisis de regresión logística reflejan que la programación de horarios de clases, el número de evaluaciones de la asignatura, el nivel de asistencia de los alumnos y el resultado de la primera evaluación del semestre, son factores que afectan la probabilidad de que el alumno repruebe o no la asignatura cursada. Los resultados del estudio muestran que las variables organizacionales tienen un efecto importante en el desempeño académico de los alumnos. En ese sentido, es de suma relevancia la distribución de los contenidos de cada asignatura y la designación de horarios de éstas, evaluándose la arista operacional, pero no debe olvidarse que estas decisiones impactan en el desempeño del estudiante. Adicionalmente, se desprende la relevancia de la asistencia a clases en el desempeño y, por consiguiente, las estrategias que deben generarse con el fin de fomentar la asistencia a clases y evaluaciones por parte de los alumnos. Teniendo en cuenta que las asignaturas de ciencias son las que presentan siempre una mayor reprobación, los resultados obtenidos son fácilmente extrapolables ya que todas las instituciones de educación superior se enfrentan a la planificación académica. Teniendo la evidencia empírica y los impactos obtenidos a través de la metodología estadística utilizada en este estudio, se pueden priorizar estrategias que ayuden al rendimiento de los estudiantes y, en consecuencia, al control del abandono.